to ustaw pierwszą jako 5.6 - bo to minimalna wersja php jaka jest wymagana do aktualizacji wersji kqs4.6 - zmieniły się w tej aktualizacji minimalne wymagania :

- obsługą języka PHP w wersji minimum 5.6 (gd2, iconv, soapClient, json, ionCube 10)
- baza danych MySQL w wersji minimum 5.6

Wywal z szablonu graficznego/katalog produktów/katalog: "{TRYB_1}, {TRYB_2}, {TRYB_3}, {TRYB_4}"

Prywatny klucz + wygenerowane posrednie klucze przekopiuj do tego miejsca ( jedno pod drugim )....dodatkowo powiązanie private_html - powinno działać. Dopiero wtedy w KQS możesz pozaznaczać te opcje dotyczące SSL.
Jak nie umiesz sobie poradzić to jest pełno instrukcji ( bo rozumiem że jak hosting od KQS to masz DIrectAdmin do zarządzania )...więc pierwszy lepszy link :
https://panel.kylos.pl/knowledgebase/165/Instalacja-certyfikatu-SSL-w-DirectAdminie.html

lub szukaj w google pod DirectAdmin SSL